La Ciudad y Puerto de Ensenada, actual cabecera del Municipio del mismo nombre, fue descubierta por el navegante portugués JUAN RODRÍGUEZ CABRILLO, quien se encontraba al servicio de su primer virrey Don Antonio de Mendoza, el 17 de septiembre de 1542. Dicho navegante le impuso el nombre de BAHÍA DE SAN MATEO.

Le dio su nombre actual el Cap. SEBASTIÁN VIZCAINO, quien llegó a este lugar el 02 de noviembre de 1602, por cuyo motivo llamó a la bahía ENSENADA DE TODOS SANTOS.

Se cuenta actualmente con pocas fuentes autorizadas que permitan establecer los usos y costumbres de los pobladores prehispánicos de nuestro Municipio y sólo se conoce la existencia de los indígenas de la tribu Cochimí, cuyo territorio comprendía desde San Javier y La Purísima, excluyendo Loreto en el Estado Sur, hasta el extremo norte de la Península.

Las principales subdivisiones de los Cochimíes en el extremo norte, fueron: Los Kiliwas, en la Sierra de San Pedro Mártir; los Cucapás, en las Riveras del Río Colorado; los Yumas de Santa Catarina, en la Misión de este nombre; los Dieguinos o Escarbadores, al sur de la actual frontera con Estados Unidos; los País de San Vicente y cercanías de Santa Catalina y los Gimies en la región de Ensenada.

Los naturales de la Península, no tenían noticias concretas de su origen o procedencia y sólo aseguraban que sus antepasados habían venido del norte.

De acuerdo con estudios actuales, tal aseveración es coincidente con los Cochimíes, pues las marcadas diferencias entre éstos los Kiliwas y Pericúes, hacen suponer que las dos últimas tribus mencionadas, arribaron a la Península navegando por el Océano Pacífico o bordeando sus costas.

Actualmente existen pequeños núcleos indígenas, todos de raza Cochimí, en diversas comunidades localizadas en el municipio, como son: Santa Catarina, La Huerta, San José de la Zorra, San Antonio Necua, San Vicente y San Pedro Mártir.

En la antigüedad, los Cochimíes se dedicaron a la caza, a la recolección de frutos y fueron pescadores de técnicas rudimentarias, siendo sus características culturales por la dureza y aridéz del medio, de muy baja calidad.

Como testimonio de su existencia han dejado algunas pinturas rupestres en cavernas, acantilados y grutas naturales, petrogrifos y monolitos en las zonas montañosas. Estas pinturas son comparables con las europeas por su técnica, belleza y colorido, calculándose que tienen más de tres mil años.

Después de su descubrimiento, ENSENADA tuvo una vida incipiente hasta hace poco más de cien años. Actualmente, es la ciudad más antigua y característica del Estado, pues cuenta con perfiles propios y peculiares, tradiciones y costumbres.

Antes de ser cabecera municipal, a raíz de la fundación del Estado, fue capital del Territorio Norte y Cabecera de la Delegación Territorial de Ensenada.

En 1752 se funda y se construye el primer centro cultural por un grupo de Jesuitas en lo que es la Misión de Santa Gertrudis, cerca del Paralelo 28, a 600 kms. de este puerto, hacia el sur.

En 1804, el Alférez José Manuel Ruíz, recibe como compensación a sus servicios como militar y gobernante, dos sitios de ganado mayor fundándose como cabecera de este rancho lo que es ahora la ciudad de Ensenada.

En 1842 se construye la primera escuela en el poblado de Santo Tomás, a 50 kms. al sur de Ensenada y en 1873 se construye la segunda en Real del Castillo, próspera región minera.

División territorial